Les Omeyyades
Certains musulmans fervents s'offensèrent de la destruction des versions successives du Coran, prétendant que l'on avait ainsi jeté au feu la Parole de Dieu. Uthman, le troisième calife, fut également accusé d'avoir mis à des postes d'autorité des membres de son propre clan, le Banu Umayya, dont certains avaient été des ennemis jurés de Mahomet. De plus, de nombreux membres de cette nouvelle élite avaient des luxueux trains de vie qui étaient contraires à l'exemple du Prophète. L'affrontement semblait donc inévitable.
Le mécontentement était particulièrement virulent dans la nouvelle cité de Koufa, en Irak, base principale des armées islamiques pour le front oriental. Il y eut aussi une mutinerie à Médine, au cours de laquelle le calife Uthman fut assassiné, en juin 656. Le Coran qu'il lisait au moment de son meurtre, tâché de son sang, fut considéré plus tard comme une relique par ceux qui voulaient venger sa mort.
Cet assassinat mit fin au rêve d'un peuple islamique uni sous l'autorité d'une théocratie. De nouvelles et remarquables conquêtes suivirent, et l'âge d'or de la civilisation islamique continua dans le domaine des arts et des sciences, bien que l'unité des premières décennies n'existât plus Le califat islamique commença alors à ressembler de plus en plus aux autres États et empires, même si la religion était toujours l'essentiel de son idéologie.
Ali le cousin du Prophète, fut proclamé calife par les mutins de Médine et par les partisans d'Uthman, car on pensait qu'il pouvait venir à bout des divisions qui menaçaient la communauté islamique. Mais l'anarchie se répandit parmi les Bédouins d'Arabie.
La grande mosquée des Omeyyades Damas, capitale de l’empire Omeyyade, abrite la grande mosquée des Omeyyades : elle fut construite dans la vieille ville romaine, à l’emplacement d’un ancien temple dédié à Zeus, sur lequel avait été édifiée, au 4e siècle, la basilique de Saint Jean le Baptiste. Les armées en Irak et en Egypte se heurtèrent à une première rébellion tandis qu'une autre, en Syrie, était menée par Mu'awiya, ancien membre du clan des Omeyyades, depuis longtemps rival du clan des Hachémites auquel appartenait Ali. La rivalité entre la Banu Umayya et la Banu Hashim datait d'avant l'arrivée de l'islam, même si autrefois les deux clans avaient appartenu à la même tribu Quraysh, celle de Mahomet.
Ces tensions laissèrent peu de possibilités à Ali. En effet, de nombreux gouverneurs provinciaux avaient été promus par Uthman et étaient eux-mêmes membres de la Banu Umayya. Ali demanda à plusieurs d'entre eux de se retirer, dont Mu'awiya en Syrie. Mais en même temps, sa répugnance à venger le meurtre d'Uthman lui retira le soutien de plusieurs anciens responsables à Médine.
La situation devint critique en septembre 656 lorsque deux de ces hommes, Zubayr et Talha, quittèrent Médine pour La Mecque où ils rejoignirent Aisha, qui avait été l'épouse préférée du Prophète et avait des ressentiments personnels contre Ali. Avec une petite armée de partisans, ils levèrent l'étendard de la révolte et traversèrent le désert pour atteindre Bassorah en Irak.
Les événements qui suivirent provoquèrent plusieurs engagements militaires. En décembre 656, Zubayr et Talha furent tués à la bataille du Chameau. Puis Mu'awiya, le puissant gouverneur de la Syrie, entra avec ses forces en rébellion, demandant vengeance pour la mort d'Uthman.
Entre mai et juillet 657, une longue confrontation près de l'Euphrate se termina par une grande bataille à Sifin, qui prit fin lorsque des troupes de Mu'awiya attachèrent des pages du Coran à leurs lances et demandèrent une trêve en proclamant: " La Parole de Dieu ! Que la Parole de Dieu décide!".
Ali resta calife jusqu'en janvier 661, date à laquelle il fut lui aussi assassiné par un puritain fanatique à Koufa. Ce crime réunit la majorité des musulmans pour la première fois depuis des années. Mu'awiya fut proclamé le nouveau calife après que Hasan, le fils d'Ali, lui eut demandé d'accepter.
Il pardonna à ceux qui l'avaient combattu et s'efforça de gouverner avec l'accord de chacun. En fait, Mu'awiya fut un des meilleurs souverains du début de la période médiévale. La dynastie qu'il fonda dura des siècles et consolida le pouvoir islamique de l'océan Atlantique jusqu'aux Indes.